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AI可據(jù)蛋白結(jié)構(gòu)快速設(shè)計藥物分子

2024-04-27 09:55:00  |  來 源:科技日報  點擊:

科技日報訊 (記者張夢然)瑞士蘇黎世聯(lián)邦理工學(xué)院化學(xué)家開發(fā)出一種新的人工智能(AI)算法程序,可根據(jù)蛋白質(zhì)的三維表面快速、輕松地設(shè)計活性藥物成分。最新一期《自然·通訊》雜志刊發(fā)的這一成果,可能徹底改變藥物研發(fā)方式。

這種方法建立的基礎(chǔ),是化學(xué)家數(shù)十年來闡明的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu),以及使用計算機尋找合適的潛在藥物分子的成果。對于任何已知三維形狀的蛋白質(zhì),該算法會根據(jù)“鎖與鑰匙”原理,生成提高或抑制蛋白質(zhì)活性的潛在藥物分子藍圖,然后化學(xué)家可在實驗室合成和測試這些分子。

新算法無需人工干預(yù),生成式AI就能從頭開始設(shè)計與蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)相匹配的藥物分子。

此外,該算法僅建議在所需位置與特定蛋白質(zhì)相互作用的分子,而幾乎不與任何其他蛋白質(zhì)相互作用。這意味著在設(shè)計藥物分子時,它的副作用會盡可能小。為了創(chuàng)建該算法,研究人員利用化學(xué)分子與相應(yīng)三維蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)之間數(shù)十萬種已知相互作用的信息來訓(xùn)練AI模型。

研究團隊與羅氏制藥公司一起測試了新算法并展示了AI的能力。他們尋找與過氧化物酶體增殖物激活受體(PPAR)類蛋白質(zhì)相互作用的分子,PPAR類蛋白質(zhì)調(diào)節(jié)體內(nèi)糖和脂肪酸代謝。目前使用的幾種糖尿病藥物會增加PPAR活性,導(dǎo)致細胞從血液中吸收更多的糖,從而降低血糖水平。

無需經(jīng)過漫長的發(fā)現(xiàn)過程,AI就能立即設(shè)計出新分子,這些分子也能增加PPAR活性,就像目前可用的藥物一樣。研究團隊在實驗室生產(chǎn)出這些分子后,羅氏制藥公司負責(zé)對它們進行測試。結(jié)果表明新分子從一開始就十分穩(wěn)定且無毒。


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